1992 yılında kurulan üniversite bünyesinde 10 fakülte, 4 enstitü, 8 yüksekokul ve 15 MYO yer almaktadır.
Fakülteler
- Eğitim Fakültesi
- Fen Edebiyat Fakültesi
- Güzel Sanatlar Fakültesi
- İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi
- Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi
- Tıp Fakültesi
- Ziraat Fakültesi
- İlahiyat Fakültesi
- Hukuk Fakültesi
- Diş Hekimliği Fakültesi
Yüksekokullar
- Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu
- Niksar Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu
- Turhal Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu
- Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu
- Devlet Konservatuarı
- Sağlık Yüksekokulu
- Erbaa Sağlık Yüksekokulu
- Yabancı Diller Yüksekokulu
